酶標儀通過控制電路控制機械驅動機構X方向和Y方向的運動來移動微孔板，從而實現自動進樣檢測過程。機械驅動機構和控制電路，從而使儀器更小巧，結構也很簡單的。
酶標儀的單色光一部分被標本吸收，另一部分則透過標本照射到光電檢測器上，模數轉換等信號處理后送入微處理器進行數據處理和計算，zui后由顯示器和打印機顯示結果。于放置待測樣本的透明塑料板，板上有多排大小均勻一致的小孔，孔內都包埋著相應的抗原或抗體，微孔板上每個小孔可盛放零點幾毫升的溶液。
酶標儀的工作原理與主要結構和光電比色計基本相同，實際上就是一臺變相的光電比色計或分光光度計，將這一待測標本不同而強弱不同的光信號轉換成相應的電信號。常見規格有40孔板、55孔板、96孔板等多種，不同的儀器選用不同規格的孔板，對其可進行一孔一孔地檢測或一排一排地檢測。
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